JMOL

Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum
cara menggunakan aplikasi ini dalam linux adalah sebagai berikut:

1. Halaman yang pertama muncul adalah sebagai berikut:

2. open the model kit

 

. 3. Tambahkan model atom dengan cara klik pada bagian atom yang akan ditambahkan

 

4. Untuk mengetahui jarak antar inti atom, dapat dipiih tool yang bergambar penggaris. kemudian klik pada dua atom yang akan diukur jaraknya

5. pilih menu display,tambahkan bonding box, kemudian untuk melihat atom dari sisi depan,atas ,kanan ataupun kiri caranya pilih menu view. dibawah ini adalah contoh penampakan dari depan

6. untuk kembali ke bentuk semula bisa pilih tool yang simbonya rumah


7. untuk memberi nama masing-masing atom caranya pilih menu display kemudian pilih label dan klik symbol

8. pilih menu display lagi, tambahkan axes